On retrouva dans des grottes des ravins à proximité de Matera de nombreux objets datant du paléolithique, témoignant de la présence de groupes de chasseurs. Des traces de plusieurs villages retranchés datent du néolithique.
On suppose que les grecs participèrent au développement de la cité. En tout cas, des échanges avec les proches colonies avérées de la Grande Grèce, comme Metaponto, sont certains.
Diverses hypothèses cherchent à expliquer l'origine de son nom, l'une d'elle suppose son nom dérive des initiales de Metaponto et Héraclée, villes qui furent détruites et dont les réfugiés ont pu venir s'installer ici. Les romains auraient fondé au IIIe siècle avant JC, une colonie du nom de Matheola (d'après le consul Lucius Caecilius Metellus).
En 664, Matera est annexée par les Lombards au duché de Bénévent.
Les IXe et Xe siècles ont connus les luttes entre les Lombards, les Sarrasins et les Byzantins, qui ont tenté à plusieurs reprises de s'emparer du territoire, et la ville fut détruite par les troupes de Louis II, empereur des Francs, dans leur tentative d'évincer les Sarrasins.
A cette époque, à partir du VIIIe siècle, la région de Matera a vu beaucoup de moines bénédictins byzantins s'installer dans des grottes.
Après l'installation des Normands en 1043 la ville a connu une période de paix. Dans les siècles suivants, malgré des famines et des tremblements de terre, Matera a longtemps été une ville royale, affranchie plusieurs fois des féodaux et dépendant directement du Roi de Naples. Cependant, sous les Aragonais, la ville a été cédée au comte Giovanni Tramontano Carlo. En 1514, le comte a été tué par le peuple opprimé par les taxes.
Lors de la seconde guerre mondiale, les habitants de Matera se sont distingués pour leur soulevement contre les nazis le 21 septembre 1943, qui fut réprimée dans le sang.
Matera pratique