L'église, la basilique et le sanctuaire, membre de l'Ordre dominicain, est classé comme site du patrimoine mondial de l'UNESCO, avec la Cène de Léonard de Vinci qui se situe dans le réfectoire du couvent et qui fut réalisée entre 1494 et 1498.
Le duc de Milan Francesco Sforza, ordonna en 1463 la construction d'un couvent de dominicains et d'une église à l'endroit où s'élevait une petite chapelle dédiée à Santa Maria delle Grazie. Les travaux, sous la direction de l'architecte Guiniforte Solari, s'achevèrent vers 1490.
Dans la nuit du 15 août 1943, les bombardiers anglo-américains ont frappé l'église et le couvent. Le réfectoire fut détruit, mais quelques murs ont été sauvés, dont celui de la Cène, qui avait été spécialement renforcé.
La Cène de Léonard de Vinci
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